Quién paga las incapacidades en Colombia depende del origen y del día. Si es enfermedad general: los días 1 y 2 el empleador, desde el día 3 la EPS, del 181 al 540 el fondo de pensiones si hay concepto favorable de rehabilitación, y desde el 541 otra vez la EPS en los casos que fija la norma. Si es laboral, la ARL paga el 100 % desde el día siguiente al accidente.
Es una pregunta de nómina con varias respuestas según el caso, y los errores son conocidos: descuentos indebidos, incapacidades que nadie cobra a la EPS y trabajadores enviados a tramitar lo que la ley le asigna al empleador. Esta es la ruta completa, con la norma de cada tramo.
| Tramo | Origen común | Origen laboral |
|---|---|---|
| Días 1 y 2 | Empleador (art. 3.2.1.10 par. 1 Dec. 780 de 2016) | ARL, desde el día siguiente al accidente (Ley 776 art. 3) |
| Días 3 a 180 | EPS (art. 3.2.1.10 par. 1 Dec. 780; art. 206 Ley 100) | ARL, 100 % del salario base de cotización |
| Días 181 a 540 | Fondo de pensiones, con concepto favorable de rehabilitación; si la EPS no lo emitió, la EPS (art. 142 Dec. Ley 019 de 2012) | ARL, prórroga de hasta 180 días más (Ley 776 art. 3) |
| Día 541 en adelante | EPS, en los tres casos del art. 2.2.3.6.1 Dec. 780 (Dec. 1427 de 2022) | ARL hasta que se defina la incapacidad permanente o la invalidez |
Qué es una incapacidad médica
Es el reconocimiento, por parte del médico tratante, de que una persona no puede desempeñar su trabajo por un tiempo determinado a causa de una enfermedad o lesión. Para efectos de pago importan dos cosas: el origen —común o laboral— y el certificado. El artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016, en la redacción del Decreto 1427 de 2022, exige para el pago de la incapacidad de origen común tres condiciones al inicio de la incapacidad: estar afiliado como cotizante, haber cotizado efectivamente «como mínimo cuatro (4) semanas, inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad», y contar con el certificado expedido por el médico de la red de la EPS o validado por esta.
La incapacidad laboral de origen profesional se rige por otro sistema —el de riesgos laborales— y por otra norma, la Ley 776 de 2002. Si el origen está en discusión, el parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012 ordena que siga pagando la EPS si la primera calificación fue de origen común, o la ARL si fue laboral, hasta que exista dictamen en firme.
Quién paga las incapacidades de origen común
Días 1 y 2: el empleador. El parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016 —que recoge la modificación del Decreto 2943 de 2013— dice que «serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día». Esos dos días no se descuentan al trabajador ni se cobran a la EPS.
Días 3 a 180: la EPS. El artículo 206 de la Ley 100 de 1993 asigna al régimen contributivo el reconocimiento de las incapacidades por enfermedad general. Cuánto: el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo fija el auxilio en «las dos terceras (2/3) partes del salario durante los primeros noventa (90) días y la mitad del salario por el tiempo restante», hasta 180 días, y la Sentencia C-543 de 2007 lo condicionó a que no sea inferior al salario mínimo.
Días 181 a 540: el fondo de pensiones, si hay concepto favorable. El artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012 obliga a la EPS a emitir el concepto de rehabilitación antes del día 120 y enviarlo al fondo antes del día 150. Con concepto favorable, el fondo posterga la calificación de invalidez «hasta por un término máximo de trescientos sesenta (360) días calendario adicionales» y paga «un subsidio equivalente a la incapacidad que venía disfrutando el trabajador». Si la EPS no expide el concepto, debe pagar ella ese subsidio después del día 180 «con cargo a sus propios recursos, hasta cuando se emita».
Día 541 en adelante: la EPS, en tres casos. El artículo 2.2.3.6.1 del Decreto 780, sustituido por el Decreto 1427 de 2022, ordena a la EPS reiniciar el pago «a partir del día quinientos cuarenta y uno (541)» cuando exista concepto favorable de rehabilitación del médico tratante, cuando el paciente no se haya recuperado pese a seguir los protocolos y recomendaciones, o cuando enfermedades concomitantes prolonguen la recuperación. Si el concepto es desfavorable, empieza la calificación de invalidez.
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Conversar por WhatsAppPago de incapacidades por accidente de trabajo o enfermedad laboral
El artículo 3 de la Ley 776 de 2002 da al afiliado «un subsidio equivalente al cien (100%) de su salario base de cotización, calculado desde el día siguiente el que ocurrió el accidente de trabajo» —o, en la enfermedad laboral, desde el día siguiente al inicio de la incapacidad— «y hasta el momento de su rehabilitación, readaptación o curación, o de la declaración de su incapacidad permanente parcial, invalidez o su muerte». El período es de hasta 180 días, prorrogables por otros 180, y si no se logra la recuperación se inicia la calificación de incapacidad permanente parcial o de invalidez.
Aquí no hay dos días a cargo del empleador: el mismo parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 dice que las ARL «reconocerán las incapacidades temporales desde el día siguiente de ocurrido el accidente de trabajo o la enfermedad diagnosticada como laboral». Y si el accidente fue de tránsito, el SOAT no paga la incapacidad temporal; lo explicamos en ¿el SOAT paga incapacidad?.
Cómo se pagan las incapacidades en Colombia: el trámite
- Lo tramita el empleador. El artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 dice que el trámite ante la EPS «deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador» y que «en ningún caso puede ser trasladado al afiliado». Al trabajador le corresponde «informar al empleador sobre la expedición de una incapacidad».
- Documentos (artículo 2.2.3.4.1 del Decreto 780): el certificado de incapacidad, la solicitud de pago del aportante y una certificación bancaria de no más de treinta días.
- Plazos de la EPS (artículo 2.2.3.4.3): quince días hábiles para revisar y liquidar y cinco más para pagar; si incumple, intereses moratorios, y el aportante debe informar el incumplimiento a la Superintendencia Nacional de Salud.
- Sin compensaciones: el parágrafo del mismo artículo prohíbe a los aportantes «deducir de las cotizaciones en salud los valores correspondientes a incapacidades».
Aportes a seguridad social durante la incapacidad
La incapacidad no suspende los aportes. El artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 dice que durante la incapacidad por riesgo común «habrá lugar al pago de los aportes a los Sistemas de Salud y de Pensiones», con el valor de la incapacidad como ingreso base de cotización, y que en pensiones son a cargo de empleador y trabajador en la proporción legal. En la incapacidad de origen laboral, la ARL asume la parte del empleador (parágrafo 2 del artículo 3 de la Ley 776). La novedad se reporta en la planilla por todo el tiempo de la incapacidad.
Lo que la empresa debe tener en orden
- Un procedimiento de novedades que registre cada incapacidad el día que llega, con su origen y su certificado.
- El cobro a la EPS o ARL con fecha y seguimiento: lo que no se cobra se queda como costo de la empresa.
- El retorno con su evaluación médica cuando corresponda; lo explicamos en evaluaciones médicas post incapacidad.
- Cuidado con terminar contratos durante o después de incapacidades largas: revise antes las reglas de estabilidad laboral reforzada.
En Tagline ordenamos el procedimiento de ausentismo e incapacidades dentro del SG-SST y del frente de gestión humana. No tramitamos incapacidades ante la EPS ni la ARL por cuenta de la empresa, ni calificamos el origen: eso corresponde a las entidades del sistema.